关于雨花石的成因，在学术界和雨花石研究领域有星云说、喷出说、陨星说、远源说、近源说、远近源同存说等,比较可信的是：距今300万年前，喜马拉雅山脉强烈隆起，长江流域的西部进一步抬升，由唐古拉山各拉丹冬雪岭冰川因日照、风化、水流融化作用而形成的冰融水，从涓涓细流，千涧百溪，最终汇成汹涌波涛，冲出青藏高原，切开巫山绝壁，使东西古长江相互贯通。从此长江犹如一条银龙，咆哮翻滚，拍打着悬崖峭壁，冲击着崎岖乱石，历经6300公里，一路向东海奔来。而在这过程中，鱼龙混杂，泥沙俱下，至下游平坦地带南京段，便逐渐淤积下来，形成雨花台砾石层，雨花石便是其中之一员。南京鹅卵石、变压器鹅卵石、雨花石
雨花石产于南京雨花台砾石层。雨花台砾石层为古长江及其支流秦淮河、滁河的沉积物。形成距今约1200万——300万年的地质时代,即中新世、上新世,乃至第四季早期.雨花台砾石层是南京附近的重要地层，在1924年世界地质大会上，由地质学家刘季辰、赵汝钧创名。雨花台砾石层中的砾石来源与长江及支流有关。
